Vznik cirkvi československej dňa 8.1.1920 zanechal svoj ohlas aj na Slovensku. Myšlienky novej cirkvi sa prenášali na Slovensko najmä migráciou Čechov, ktorí prichádzali za pracovnými príležitosťami. Prvými predstaviteľmi cirkvi, ktorí pôsobili na Slovensku boli biskupi Gorazd a dr. Stejskal ale aj patriachra K. Farský.
   Dôležitým dátumom pre cirkev na Slovensku je 22.september.1925 kedy došlo vyhláškou 1925 č. 193. Sb. z.a.n. k plnoprávnemu uznaniu cirkvi československej na území Slovenska a Podkarpatskej Rusi. Odvtedy bolo aj právne umožnené cirkvi existovať a rozvíjať svoju prácu. V roku 1933 pôsobili na Slovensku tieto náboženké obce (NO): Bratislava, Brezno, Košice, Liptovská Osada, Michalovce, Spišská Nová Ves, Nové Zámky, Zvolen, Žilina. V roku 1935 vzniká NO v Petržalke. Takisto vznikali náboženské obce na území Podkarpatskej Rusi.
   Nástupom radikalistických a nacionalistických prúdov sa CČS na Slovensku dostala do vážnych sporov, najmä s HSĽS.  Viedenská arbitráž v roku 1938 umožnila zabratie časti územia Slovenska Maďarskom, ktoré zakázalo pôsobenie cirkvi na jeho území. Po vzniku Slovenského štátu v marci roku 1939 bola CČS(H) na Slovensku zakázaná.
   Po druhej svetovej vojne a nástupe komunistického režimu v roku 1948 sa činnosť náboženských obcí na území Slovenska neobnovovala. Sporadicky pokračovala činnosť bratislavskej náboženskej obce, ktorá bola zaopatrovaná dlhé roky farárom Vlastimilom. Drtinom z NO Hodonín

   Situácia sa začala meniť postupným uvoľňovaním totaliného režimu. V r. 1988 prichádza do Bratislavy Jan Hradil, ktorý sa svojou prácou pričinil o budovanie náboženskej obce, zvlášť po zmene režimu. Práve Bratislava sa stala základom pre zriadenie generálneho vikariátu a neskôr samostatnej slovenskej diecézy CČSH v roku 2000. V roku 1997 na Vianoce znovuobnovila činnosť náboženskej obce Košice, ktorej prvým samostatným farárom po 2. sv. vojne sa stal ThLic. Miroslav Hargaš. Obnovila sa práca a bohoslužobná činnosť v NO Liptovská Osada, kde cirkev získala späť do vlastníctva kostol a farskú budovu. ako aj bohoslužby v Matine. V súčasnosti pôsobí na Slovensku 5 duchovných CČSH, z toho jeden pôsobí v Ekumenickej pastoračnej službe vo väzenstve.